Z6II と Z6 の違いは、以下のとおりです。
| Z6II | Z6 | |
| 高速連続撮影（拡張）速度 | 14 fps | 12 fps |
| 画像処理エンジン | デュアルEXPEED 6 | EXPEED 6 |
| カバーするシャッタースピード | 1/8000～900 秒 | 1/8000～30 秒 |
| 連続撮影可能コマ数 | 約 98 コマ | 約 37 コマ |
| 電池寿命 | 約 340 枚 | 約 310 枚 |
| USB 給電機能 | あり | なし |
| 動物 AF、瞳 AF のワイドエリア AF（L）対応 | あり | なし |
| パワーセーブモードの搭載 | あり | なし |
| 電源 OFF 時のピント位置維持機能 | あり | なし ※ |
※ Z6 ファームウェア Ver.3.30 で「フォーカス位置の記憶」機能が追加されました。
